Homborsund har fra gammelt av også blitt kalt for 'Homborgsund'. Homborøya, som er en større naboøy til Store Grønningen, var godt kjent blant sjøfolk lenge før fyret ble opprettet. Årsaken var at det stod en vindmølle - Homborøens Mølle - på øya. Den var et utmerket sjømerke som kunne sees langt til havs. I 1830 blåste den ned, og eieren som egentlig ikke hadde behov for den lenger, ønsket ikke å bygge den opp igjen.
I 1845 hendte det merkelige at den ble gjenreist, ikke som mølle - men som et sjømerke som eksteriørmessig var en tro kopi av den tidligere mølle. Selve bygningen var 8 meter høy, men vingene om var fastmontert i 45 graders vinkel på den loddrette linje, raget høyt over selve huset. Både gjenreisning og vedlikehold ble foretatt av Fyr- og Merkevesenet. Fyret som senere ble etablert, var et sjømerke godt nok, men 'mølla' ble stående til den i 1911 brant ned etter lynnedslag, kort tid etter oppussing.
Før avgjørelsen om fyr ved Homborsund og Lyngør var tatt, oppstod det en liten kappestrid mellom de respektive tilhengere. I favør av Lyngør ble det hevdet at det i årene 1865-75 hadde funnet sted 21 skipsforlis mellom Jomfruland og Torungene fyr. Tilhengere av Homborsund kunne hevde at det i det samme tidsrom hadde vært 45 skipsforlis mellom Torungene og Oksøy. Dette skulle imidlertid slå ut til fordel for begge parter. Departementet opptok til bevilgning fyr både på Homborsund og Lyngør "... idet det finner væktige og avgjørende Argument i de mange Forlis paa disse Strækninger".
I likhet med Lyngør kom arbeidet på Homborsund i gang i 1877. Fyrbygningene og lyktehus på de to steder er nær identiske. Beliggenheten for Homborsund er på øya Store Grønningens sydpynt (58° 15' 06" N, 8° 28' 86" Ø), 0,9 nautiske mil fra Homborsund brygge og 5,6 nautiske mil fra Grimstad båthavn. Bygningene ligger samlet oppe på holmen med en delvis innegjerdet gårdsplass mellom husene, og er et dominerende element i kystleden.
Fyret har høy grad av opprinnelighet, og er en god representant for et større betonganlegg som var vanlig ved bygging av nye fyr i 1870-årene. Av situasjonsplanen fra 1911 fremgår det at fyrstasjonen bestod av fyrvokterboligen med fyrtårn, en bolig for to familier (assistentboligen), to uthus og to naust. Det var etablert to landinger (kaier), en i sør og en i nord. To moloer var etablert, en innenfor søndre landing og en utenfor nordre landing, og nordøst av nordre landing var det etablert en større gråsteinsmur.
Også ved Homborsund var lyktehuset forarbeidet av Aker verksted, og et 3. ordens fyrapparat ble innkjøpt fra Frankrike. Fyrbygningen i betong har et 20,1 meter høyt fyrtårn bygget inntil gavlen. Lyshøyden er 22,3 meter over havet ved høyvann. Fyret har en lysstyrke på 423.900 candela (måleenhet, latin for stearinlys) og en lysvidde på 14,5 nautiske mil. Lyskarakteren er fast med fire blink i hurtig rekkefølge hvert minutt. Homborsund fyr, som er et kystfyr, ble tent den 1. september 1879. I 1951 ble fyrstasjonen vesentlig forbedret ved at diafon tåkesignal ble montert, og fyrbygningen ble utvidet for å gi plass til kompressorer og trykklufttanker, samt til elektriske aggregater som reserver til kraft fra nettet. Betjeningen ble utvidet med en mann, og det ble bygd en dobbeltbolig for assistentene. Opplegget for diafon tåkesignal er den dag i dag intakt.
Fyrstasjonen er et eksempel på en fler-familiestasjon, da fyrvokteren bodde sammen med familien på stedet. I 1939 endret embetet som fyrvokter navn til fyrmester. Dagens fyrtårn er fra 1950. I 1973 ble fyrstasjonen endret fra å være en familiestasjon til en tørnstasjon hvor kun fyrbetjeningen hadde sin arbeidsplass. Familien ble boende på land. Fyrmesteren og betjeningen ved tørnstasjonene gikk ofte i turnus med seks uker på tørn og tre uker fri. I 1987 ble fyrstasjonen automatisert, men fortsatte å være betjent av en fyrmester.
I 1990 ble Kystverket kontaktet av en lokal arbeidsgruppe med en målsetning om å kunne overta Homborsund fyrstasjon. Fyrstasjonen ble automatisert og avfolket i 1992. Frem til avfolkningen fant sted ble det ved fyrstasjonen tatt dagobservasjoner for Meteorologisk institutt. I 1997 ble en avtale om drift av fyrstasjonen bragt i havn. Avtalen gikk ut på at de tre lokallagene Idrettslaget Eidekameratene, Eide Sognelag og Kystlaget Terje Vigen sammen skulle etablere interimstyret 'Homborsund fyrstyre' og drifte fyrstasjonen.
Askepott-teateret var i juli 2005 med i ei større prosjektgruppe i regi av Sølvi Kleiva Ugland, som fremførte historien om 'Bataljen i Homborsund' som en nyskreven musikkdramatisk urpremiere ved fyrstasjonen. Sølvi Kleiva Ugland hadde idéen, skrev manus og fremskaffet midler til oppsetningen. Venneforeningens styreleder, Jan Arild Vassbotn, bidro med flere tekster. Fremføringen var basert på en dramatisering og fremføring som ble gjennomført i Høyfallsvik i 2003, og den var videreutviklet for Homborsund fyr som et stort flerkulturelt EU-prosjekt for ungdom fra Nederland, Frankrike, Danmark og Norge. 'Bataljen i Homborsund' har sin handling fra hendelsen som oppstod under Dansketiden i Homborsundfjorden. Prosjektbudsjettet var på over en million kroner og hele 1600 mennesker fikk se de fem forestillingene ute på fyrstasjonen.
Gjennom årene har driften ved fyrstasjonen utviklet seg mot et slikt omfang, at det har blitt naturlig å formalisere virksomheten ved å etablere en egen driftsorganisasjon. 27. juni 2016 ble venneforeningen Homborsund fyrs venner etablert. Venneforeningen har som overordnet formål å bidra til at Homborsund fyrstasjon skal bevares som en levende del av kystkulturen, med vekt på å gjøre fyret tilgjengelig for allmenheten. Venneforeningen skal legge til rette for allmenhetens bruk gjennom å administrere utleie av fyrstasjonens assistentbolig, ett uthus og ett naust. Kystverket disponerer selv fyrvokterboligen, ett uthus og ett naust som feriebolig for sine ansatte. Venneforeningen skal også organisere de forpliktelser som er pålagt gjennom avtalen med Grimstad kommune og Kystverket.
Kulturminner som brønn, hager og uthus gir et bilde av livet på stedet utover selve fyrdriften. Fyrstasjonen er del av et større verneområde blant annet grunnet de tilstedeværende arter og det genetiske mangfold som er representert på holmene rundt fyrstasjonen. Området er derfor underlagt reglene om områdevern etter naturmangfoldloven.